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国内拟南芥突变体库与米国内库原图

2024-04-14 02:59分类:ROC 阅读:

文字/编辑 史记泛舟

前言

植物可以通过影响碳、水和其他养分的供应来影响根部周围根际区域微生物群落的组装。在植物的整个生命周期中,根际微生物群落的组成会随着植物生理学的发育程序变化而发生变化。我们观察到根际细菌群落的变化与植物发育过程中渗出物的变化相对应。

在这项研究中,我们询问拟南芥的野生十字花科亲戚Boechera stricta的根际细菌群落中是否发生了成分的昼夜变化。我们假设根际微生物丰度和群落组成将在白天和夜间时间点之间发生变化,以响应寄主植物生理学的昼夜变化(或可能直接响应温度和光照的变化)。

此外,我们预计一些微生物类群可能会直接受到时钟介导的生理学影响,这将表现为自由运行条件下(即恒温和光照条件下)主观白天和夜间时间点之间的丰度差异,如以及循环条件(昼夜变化的光线和温度)。

我们进一步假设根际群落组成将受到植物昼夜节律或时钟表型的影响。最后,如果时钟表型在一代内改变了根际群落组成,那么我们会问这种差异是否会导致接种所选微生物群落的第二代植物的植物性能差异。

一、材料和方法

为了测试生物钟对根际细菌群落组装的影响,我们使用了四种Boechera stricta基因型。

已知这些种群在昼夜节律期间存在遗传变异,这里使用的四种近交基因型反映了极端的昼夜节律值:基因型 4(昼夜节律周期约 24 小时)、基因型 6(昼夜节律周期约 24 小时)、基因型15(昼夜节律~21小时)和基因型20(昼夜节律~21小时)。

在当前的研究中,实验基因型预计会表达相同的 21 小时和 24 小时时钟表型。使用 10% 漂白剂溶液对种子进行表面消毒,并将其放置在含有消毒 Redi Earth 盆栽混合物和土壤接种物混合物的盆中。

为了制作土壤接种物,将 70 克南刷溪土壤与 630 毫升反渗透过滤水混合,并通过 1,000 µL、500 µL 和 212 µL 筛子过滤,以去除可能影响植物性能的土壤线虫。

对于循环条件,植物在 Percival PGC-9/2 生长室中生长,该生长室被编程为模拟夹带的秋季条件,包括 15 小时的光周期和从 4.9° 的昼夜温度变化C 至 17.1°C,与 Salmela 等人使用的条件相似。对于自由运行条件,植物在恒定的光照和温度(16.1°C)下生长。在所有条件下,光合光子通量密度为350μmol光子/m2/s。

二、实验设计

为了表征根际群落在白天和夜间时间点之间的变化,基因型 6(约 24 小时周期)和基因型 15(约 21 小时周期)的复制品在完全随机设计中在模拟秋季季节条件下生长 5 周。

在秋季条件下观察到的微生物群落组成的任何变化,即温度和光可用性的循环,反映了微生物对这些因素日常变化的直接反应,或植物宿主生理学日常波动的间接影响。

在自由运行条件下观察到的微生物群落组成的任何周期性变化只会反映内源植物宿主时钟的影响,因为这种处理的温度和光照保持恒定。

对于本实验,在循环条件下生长的基因型6和15的7个重复在 3 天的晚上 7 点和凌晨 4 点进行破坏性收获(n = 84)。

在生长 3 天后,在自由运行条件下生长的重复样本(基因型 6 和 15 各 7 个)在研究最后一天的晚上 7 点和凌晨 4 点收获一次(n = 28 )。

为了描述宿主时钟表型对根际细菌群落组装的影响,复制基因型 4(~24 小时周期)、6(~24 小时周期)、15(~21 小时周期)和 20(~21-小时周期)在模拟秋季条件下以完全随机设计生长 5 周,此时每种基因型的七个重复品被破坏性地收获根际样品(n = 28)。

根际样品在进一步处理之前储存在-80°C,而土壤样品在实验3中立即使用(1天内)。

三、根际群落和统计分析

为了表征寄主植物时钟对根际群落组成的影响,我们使用了 R 包phyloseq和vegan。

我们使用排列多元方差分析 (ANOVA),使用距离矩阵(阿多尼斯函数)对布雷-柯蒂斯差异进行描述,以描述因时间点或寄主植物时钟表型而引起的根际群落组成的广泛变化。

我们的模型的形式为:相异性实验日(时间点)+时间点,其中实验日嵌套在时间点内,测试第一天、第二天和第三天进行的收集与测试时间点之间微生物群落的潜在差异白天和黑夜的差异。

为了表征时钟表型的影响,我们使用了以下形式的模型:相异性=基因型(时钟表型)+时钟表型,其中第一个嵌套项测试时钟表型类内基因型之间的差异,时钟表型测试宿主的影响昼夜节律(21 小时和 24 小时)。

该分析描述了根际群落组成的粗粒度变化,并受群落内所有类群的存在、不存在和丰度的影响。DMM 估计每个样本中类群的比例相对丰度作为多项分布的参数。这些多项分布的先验是狄利克雷分布,其参数表示采样组内微生物类群的相对丰度比例。

这种方法有几个好处,包括敏感地检测治疗组之间不同的分类群,以及通过模型的层次结构在治疗组内的重复之间共享信息。此外,我们使用 DMM 来确定自由运行与循环条件对基因型 6 和 15 的影响,以确定可能对植物昼夜生理学做出反应的微生物。

我们还寻找了短周期和长周期时钟基因型内部和之间 ASV 的重叠,这些重叠与时钟基因型对根际群落组成的影响或植物性能背景下根际群落功能的差异相关。

我们的结果表明植物可以对相关微生物产生更直接的影响。事实上,采样时间对 DNA 浓度的影响非常显着——在某些情况下,我们观察到 DNA 从夜间到白天增加了三倍或接近四倍。

微生物组成在白天和夜间时间点之间也发生显着变化。我们发现时间点解释了约 13% 的粗粒度群落组成变异和高达 17.3% 的个体 ASV 丰度变异(根据 DMM 估计)。

这些结果补充了一个小规模但不断增长的工作,展示了 24 小时内的根际微生物组装动态。

与白天和夜间根际组合差异相关的机制尚不清楚,但可以反映宿主植物的各种昼夜生理过程,包括蒸腾和渗出的变化。白天,水分从土壤到叶子的输送量最高,而夜间,气孔关闭,减少了对水的需求。

结果,微生物可能被物理地输送进和输送出根际。根部分泌物也有昼夜模式,并且还可以至少部分地解释时间点之间的成分差异。植物宿主(也许还有微生物本身)中的许多其他表型变化按照日长定义的规律发生,解析这些植物性状对根际的相对影响将是一个有利可图的研究方向。

我们还比较了非生物环境因素(光和温度的变化)与时钟表型对根际动态的影响程度。我们发现,不仅在循环条件下而且在自由运行条件下生长的植物在白天和夜间时间点之间根际群落的大小和组成都存在一致的变化,表明时钟表型在我们观察到的结果中具有首要地位。

特别是,微生物群落规模在主观日下增加,其方式重复了在骑行条件的真实日时间点下观察到的模式。

内源时钟单独影响了大部分根际细菌微生物组的组装动态(在自由运行条件下,占所有差异丰度 ASV 的 15.5%–17.3%)。此外,我们还鉴定了两种 ASV(芽孢杆菌和Variovorax),其丰度存在差异且与夜间时间点相关,另一种 ASV(Bacteriavorax)与跨时钟基因型和实验条件的白天时间点相关。

然而,由于这些细菌始终与植物基因型和环境条件的特定时间点相关,因此它们似乎与受时钟调节的宿主生理学密切相关,并且可能有针对性地在分子水平上更好地了解植物与微生物的相互作用。

结论

结合研究表明,拟南芥时钟突变体的根际群落组成发生了改变,我们使用具有自然隔离时钟变化的基因型的结果表明,植物生物钟应被视为关键调节因子根际组装动力学。宿主生物钟在多大程度上可以塑造根际微生物组以使其发挥优势,还需要进一步研究。

而哈伯德等人观察到野生型时钟表型以改善植物生长的方式调节土壤微生物组,但在当前的研究中没有观察到这种模式。

未来的工作还应该探索植物时钟发挥影响的机制,以及这种影响是否可以扩展到生活在其他植物室内的微生物。

参考文献:

【1】琼斯,《根际碳流:土壤-根界面的碳交易》

【2】Dennis PG, Miller AJ, Hirsch PR,《在构建根际细菌群落方面,根系分泌物是否比其他根沉积物来源更重要?》

【3】Sperry JS、Adler FR、Campbell GS、Comstock JP,《根际和木质部导度对植物用水的限制》

【4】Chaparro JM,Reardon KF,《根际相互作用:根系分泌物、微生物和微生物群落》

 

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远东股份的前身是远东服装有限公司。

令人玩味的是,不管是远东股份,还是远东服装有限公司,现在都还存在。

2021年,视觉中国年入6.57亿。作为一家借壳上市的公司,这些收入是怎么构成的呢?

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总结起来一句话:主要靠的就是版权收入。

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“视觉中国控股公司”(中国香港)

“常州服装集团有限公司”

“中国银行江苏信托咨询公司”

“北京天健地博科技有限公司”

“江苏省国际信托有限责任公司”

“常州远金服装有限公司”等。

而其最新公示则显示“香港中央结算有限公司”、“陕西国际信托”和“国泰君安”等专业金融机构也都有参与。

都2023年了,一家靠着钻法律漏洞明目张胆抢钱的公司,居然越干越嚣张,也真的是令人瞠目结舌。

说真的我是真的不信,几位江苏大佬能有这么肥的胆子。

到底背后还有谁呢?

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